Следует выбрать один из вариантов адреса сайта с www или без www и далее придерживаться только его.

Проблемы могут возникнуть в момент смены поисковой системой главного зеркала сайта. Такие смены иногда случаются, зеркала расклеиваются. Длиться это может около месяца, пока не придет робот-зеркальщик и не склеит зеркала, а ходит он редко.

Пример:
Большинство ссылок вело на зеркало с www .
Главное зеркало (с www) некоторое время не отвечало из-за проблем с каналом или хостингом и страницы главного зеркала были исключены из индекса поисковой системы. Далее робот поисковика заходит по какой-то ссылке на зеркало без www и индексирует эти страницы как новый сайт, соответственно ссылки на зеркало с www (до новой склейки зеркал) при ранжировании не учитываются.